UPDATE Funcionários
SET
	CPF = CPFCorrigido

FROM
	(	SELECT 
			Código AS ID,
			(CASE CPF WHEN '' THEN CPF ELSE SUBSTRING(CPF,0,4) + '.' + SUBSTRING(CPF,4,3) + '.' + SUBSTRING(CPF,7,3) + '-' + SUBSTRING(CPF,10,2) END) AS CPFCorrigido
		FROM 
			Funcionários
		GROUP BY
			Código,
			CPF) as Func
WHERE
	Código = Func.ID